V pozdějším období se nejvíce vyskytuje pod názvem Mühlenbach. Od tohoto německého názvu byly odvozeny maďarský tvar Malompatak a název používaný za 1.ČSR Milbach. Od roku 1948, po vystěhování německého obyvatelstva, se používá již pouze slovenský tvar - Mlynica. Etymologie názvu obce svědčí o tom, že je odvozen od potoka, na kterém kdysi stál mlýn nebo více mlýnů.
Od roku 1412 městečko patřilo do Svazu 11 spišských měst, které zůstaly Uhrách, po zálohování 13 spišských měst ze Svazu 24 spišských měst poľskérnu králi Žigrnundom Lucemburským. Vzhledem k tomu, že Mlynica se spolu s ostatními 10 spišskými městečky stala kolem roku 1465 majetkem rodu Zápolských - majitelů Spišského hradu a dědičných spišských županů, jejich vývoj nebyl příznivý. Postupné oklešťování výsad 11 spišských měst pánům Zápoľskovci, později Turzovcarni (1531 - 1636) a Čákyovcarni (1638 - 1848) mělo za následek klesnutí těchto městeček na úroveň ostatních poddanských vesnic patřících k dominoval Spišského hradu. Zeměpána s městečky nakládali jako se soukromým majetkem, mohli je prodat, případně zálohovat. Tak se stalo například i Mlynica počátkem 17. století, když ji Turzovci. na jistý čas zálohovali Markovi Horvátovi ze Strážok av 30. letech 17. století Štěpánovi Tökölyho z Kežmarku. Označování mlýnice městečkem (oppidum) v dokumentech ze 16. - 19. století bylo již pouze formálně.