V neskoršom období sa najviac vyskytuje pod názvom Mühlenbach. Od tohto nemeckého názvu boli odvodené maďarský tvar Malompatak a názov používaný za 1.ČSR Milbach. Od roku 1948, po vysťahovaní nemeckého obyvateľstva, sa používa už iba slovenský tvar - Mlynica. Etymológia názvu obce svedčí o tom, že je odvodený od potoka, na ktorom kedysi stál mlyn, alebo viac mlynov.
Od roku 1412 mestečko patrilo do Zväzu 11 spišských miest, ktoré ostali Uhorsku, po zálohovaní 13 spišských miest zo Zväzu 24 spišských miest poľskérnu kráľovi Žigrnundom Luxemburským. Vzhľadom k tomu, že Mlynica sa spolu s ostatnými 10 spišskými mestečkami stala okolo roku 1465 majetkom rodu Zápoľských - majiteľov Spišského hradu a dedičných spišských županov, ich vývoj nebol priaznivý. Postupné okliešťovanie výsad 11 spišských miest zemepánmi Zápoľskovcami, neskôr Turzovcarni (1531 - 1636) a Čákyovcarni (1638 - 1848) malo za následok klesnutie týchto mestečiek na úroveň ostatných poddanských dedín patriacich k domíniu Spišského hradu. Zemepáni s mestečkami nakladali ako so súkromným majetkom, mohli ich predať, prípadne zálohovať. Tak sa stalo napríklad aj Mlynici začiatkom 17. storočia, ked ju Turzovci . na istý čas zálohovali Markovi Horvátovi zo Strážok a v 30. rokoch 17. storočia Štefanovi Tökölymu z Kežmarku. Označovanie Mlynice mestečkom (oppidum) v dokumentoch zo 16. - 19. storočia bolo už iba formálne.