Práce na obranných zariadeniach pokračovali aj v 16. storočí, keď pri vstupe do hradu postavili veľkú vežu lichobežníkového pôdorysu a valcovitú vežu. Zvýšené roboty, poplatky a dane vyústili v r.1610 do roľníckej vzbury poddaných, ktorú panstvo kruto potlačilo. Pri obnove hradu, zničeného Turkami po páde Nových Zámkov na jeseň 1663, postavili na južnej, najviac ohrozenej strane nové opevnenie s delovými baštami. Gýmeš bol jedným z mála hradov, kde prebiehali stavebné práce ešte v 18. storočí. Do tohto obdobia sa datuje premena gotického paláca na rodovú kryptu Forgáchovcov s kaplnkou. Až v polovici 19. storočia panstvo hrad definitívne opustilo a začal sa rozpadávať.
Začiatkom 18.storočia, včase Rákocziho povstania sa majiteľ hradu Gýmeš, Žigmund II. Forgáč stal veliteľom Rákocziho vojska, za čo sa dostali do vyhnanstva a hrad Gýmeš sa stal majetkom kráľa. Cisár Jozef I. predal hrad Gýmeš českému kancelárovi gr. Jánovi Vratislavovi. Od neho odkúpil hrad rošoňský biskup Pavol Forgáč, ktorý ho opravil. Na hrade dal postaviť 4 kaplnky, z ktorých sa zachovala jedna – sv.Ignáca. Bol to patrón hradu a na výročie bývali slávnostné hody s veľkou parádou. Používalo sa kňažské rúcho vyšívané ženskými vlasmi. Pod touto kaplnkou bola rodinná hrobka Forgáčovcov s veľkým krížom z alabastru. Biskup Pavol dal v r.1720-22 v obci Gýmeš postaviť kostol a barokový hrad. Presťahovanie dedičov do kaštieľa bol začiatok konca hradu Gýmeš.