Práce na obranných zařízeních pokračovaly i v 16. století, kdy při vstupu do hradu postavili velkou věž lichoběžníkového půdorysu a válcovitou věž. Zvýšené roboty, poplatky a daně vyústily v r.1610 do rolnické vzpoury poddaných, kterou panství krutě potlačilo. Při obnově hradu, zničeného Turky po pádu Nových Zámků na podzim 1663, postavili na jižní, nejvíce ohrožené straně nové opevnění s dělovými baštami. Gýmeš byl jedním z mála hradů, kde probíhaly stavební práce ještě v 18. století. Do tohoto období se datuje přeměna gotického paláce na rovnost kryptu Forgáchovců s kaplí. Teprve v polovině 19. století panství hrad definitivně opustilo a začal se rozpadat.
Začátkem 18.století, včase Rákocziho povstání se majitel hradu Gýmeš, Žigmund II. Forgáč stal velitelem Rákocziho vojska, za co se dostali do vyhnanství a hrad Gýmeš se stal majetkem krále. Císař Josef I. prodal hrad Gýmeš českému kancléři gr. Janovi Vratislav. Od něho odkoupil hrad rošoňský biskup Pavel Forgáč, který ho opravil. Na hradě dal postavit 4 kaple, z nichž se zachovala jedna - sv.Ignáca. Byl to patron hradu a na výročí bývaly slavnostní hody s velkou parádou. Používalo se kněžské roucho vyšívané ženskými vlasy. Pod touto kaplí byla rodinná hrobka Forgáčovcov s velkým křížem z alabastru. Biskup Pavel dal v r.1720-22 v obci Gýmeš postavit kostel a barokní hrad. Přestěhování dědiců do zámku byl začátek konce hradu Gýmeš.