A védelmi létesítmények munkálatai a 16. században folytatódtak, amikor a kastély bejáratánál egy nagy trapéz alakú tornyot és egy hengeres tornyot építettek. A megnövekedett robotok, díjak és adók 1610-ben paraszti felkelést eredményeztek, amelyet az uralom kegyetlenül elnyomott. A Nové Zámky 1663 őszi bukása után a törökök által elpusztított vár helyreállítása során új erődítményt építettek ágyúbástyákkal a déli, leginkább veszélyeztetett oldalon. Gýmeš azon kevés várak egyike volt, ahol a 18. században építési munkálatok zajlottak. Erre az időszakra nyúlik vissza a gótikus palota átalakítása a Forgách család ős kriptájává kápolnával. Az uradalom csak a 19. század közepén hagyta el véglegesen a várat és kezdett szétesni.
A 18. század elején, a Rákoczi-felkelés idején a gýmeši kastély tulajdonosa, Zsigmond II. Forgáč Rákoczi seregének parancsnoka lett, amiért száműzetésbe került, és Gýmeš kastélya a király tulajdonába került. I. József császár eladta Gýmeš várát a cseh kancellár gr. Ján Vratislav. A kastélyt Pavol Forgáč, a Rošošni püspök vásárolta meg tőle, aki megjavította. A kastélyra 4 kápolnát építtetett, amelyek közül az egyik megmaradt - Szent Ignác. Ő volt a kastély védőszentje, és voltak ünnepi lakomák, nagyszerű felvonulással az évfordulón. Női hajjal hímzett papi köntösöket használtak. E kápolna alatt a Forgáč család családi sírja volt, nagy alabástromból készült kereszttel. Pavol püspök templomot és barokk kastélyt építtetett Gýmeš faluban 1720-22-ben. Az örökösök áthelyezése az udvarházba a gýmeši vár végének kezdete volt.