1647 - 1848
Po získaní privilégií slobodného kráľovského mesta bol Svätý Jur právne na úrovni takých miest ako Bratislava, Trnava, či Košice. Disponoval úplnou samosprávou v oblasti verejnej, súdnej a hospodárskej. Nadriadenou a teda i odvolacou inštanciou bol panovník.
Samosprávu reprezentovala 12-členná mestská rada, ktorej predsedal richtár. Rada riešila všetky záležitosti mesta a bola i súdnym fórom. Jej členom bol aj mešťanosta, poverený riadením hospodárstva, mestský kapitán, ktorý mal na starosti vojenské a policajné záležitosti a mestský notár, ktorý vybavoval písomnú agendu a spravoval mestský archív. Popri mestskej rade účinkovala aj tzv. vonkajšia rada, ktorá pod vedením tribúna ľudu rozhodovala len v najdôležitejších otázkach a reprezentovala záujmy celého meštianstva. Všetky funkcie (okrem notára) boli volené. Voľby sa konali každý rok 24. apríla, hlasovať však mohli len plnoprávni mešťania. Do aparátu mesta patrili aj ďalší úradníci - mestský právnik, sirotský otec, vyberači daní, komorník, trhový richtár, hospodár, pisár, strážnici a ďalší.
Dozor nad vinohradmi, stráženie, dozor nad robotníkmi, deľbu viníc, ich oceňovanie mal na starosti viničný majster (pereg), 4-6 hájnici. Tento úrad sa v samostatný orgán nevyvinul, jeho prácu usmerňoval podľa pokynov mestskej rady mešťanosta. K veľkým zmenám v samospráve mesta v rokoch 1647-1848/49 nedošlo, hoci sa panovníci snažili zasahovať aj do tejto oblasti mestského života.