Administrativní město Prešov sestává ze čtyř katastrálních oblastí: Prešov, Solivar, Šalgovík a Nižná Šebastová.
Přes území města vedou významné mezinárodní silniční a železniční tratě směrem do Polská a na Ukrajinu. Nejbližšími velkoměsty jsou (podle vzdušných vzdáleností v km): Košice (38), Užhorod (96), Miškolc (115), Tarnow (128), Budapešť (250), Bratislava (345).
Historické jádro města je národní kulturní památkou.
Město leží v Košické kotlině a obklopují ho Slánské vrchy a Šarišská vrchovina. Prešovem protékají řeky Torysa a Sekčov.
Geograficky se Prešov nachází přesně na 49-té rovnoběžce, konkrétně na souřadnicích 49 ° severní šířky a 21 ° 15 'východní délky. Nadmořská výška historického centra města je přibližně 255 mnm