Požáry v letech 1784 a 1787 poškodily kostel, proto obě věže musely zhroutit, místo nich postavily na náměstí odděleně zvonici se třemi zvony: největší trojiční vážil 10q, daroval jej hrabě Jan Nepomuk Erdődy, střední zvon P.Márie vážil . Floriána a Jana Nepomuckého jen 3,5 q. Roku 1788 obnovili na hrabě příkaz hlavní oltář, čehož dokladem je tam umístěn rodový erb.
Dnešní farní kostel rozhodli se postavit po velkých požárech v letech 1784 i 1787, které zničily skoro do základů dva kostely. Potřebnost stavby zdůvodňovaly tím, že po zrušení kláštera s kostelem sv. Kateřiny v Dechticích roku 1782 stoupl počet návštěvníků kostelů v Chtelnici, které však nevyhovovaly velikostí nárokům. Podmínky pro novostavbu splňoval více dolní kostel s výhodnou polohou ve středu obce, což vyhovovalo i pánům. Proto na místě původního kostela začali roku 1794 s výstavbou nového většího i krásnějšího.
Základní kámen novostavby položili 6. května 1794, tuto událost připomíná pamětní deska se jmény významných světských i církevních hodnostářů spolu s charakteristikou tehdejšího období. Výstavba si vyžádala spoustu stavebního materiálu, jen cihel se spotřebovalo přes tři sta tisíc kusů, z čehož padesát tisíc poskytl zemepán. Celkové finanční náklady přesáhly částku 24 600 zlatých ve stříbře.
Soupis památek zařadil kostel mezi umělecky cennou klasicistní architekturu s prvky empíru i rokoka, která nemá obdoby na okolí.
Vedle věže jsou postaveny kamenné sochy apoštolů Petra a Pavla s atributy. Na severní straně kostela je vchod do rozsáhlé krypty s hrobkami místních farářů i šlechtických rodin.