Po zrušení obou spolků, nařízením SNR č. 51/1945 Sb., Muzea fakticky zanikly. Nepřehlednou situaci vyřešil nově zřízený Okresní národní výbor v Popradu, který dne 26. července 1945 usnesením č. 349/1945 vzal do zprávy opuštěné muzeum rozpuštěného Karpatské spolku v Popradu, jakož i muzeum Velické muzejní společnosti ve Velké, která neměla potvrzeno stanovy, s cílem spojit dvě vzácné sbírky tatranské a podtatranské flóry, fauny, minerálů, folklóru i historických a kulturních památek , do jedné instituce. Společné muzeum dostalo název Tatranské muzeum okresu Popradského, zkráceně, Tatranské muzeum se sídlem v Popradu. Tatranské muzeum okresu Popradského zřízeny Okresním národním výborem v Popradu se stalo prvním, po válce, obnoveným muzeem na Slovensku a současně prvním poválečným muzeem s okresní působností.
Dne 1. dubna 1957 vzniklo muzeum Tatranského národního parku, s dočasným sídlem v budově muzea v Popradu (do 1959). Ten samý den bylo zřízeno Okresní vlastivědné muzeum v Popradě. Po přijetí zákona č. 109/1961 Sb. o muzeích a galeriích av souladu s připravovanou novou sítí muzeí, bylo v roce 1961 Okresní vlastivědné muzeum v Popradu, přejmenováno na Podtatranské muzeum v Popradě.