Rozsáhlá přestavba se dotkla i samotného jádra hradu s obytnými prostory. Mohutný donjon spolu s většinou opevnění akropole byly zbourány a nahrazeny mohutnou čtyřkřídlá stavbou na půdorysu nepravidelného lichoběžníku. Šlo o podobný typ opevněného královského sídla, jaký známe například ze Zvolena či Vígľaša, a který navazuje na italské kastely. V jižním a východním křídle hradu byly obytné a reprezentativní prostory, další dvě křídla sloužily na hospodářské a provozní účely.
Nezařízené stavbu využíval jako své sídlo několik let uherský král Ladislav Pohrobek, po smrti kterého (v roce 1454) význam hradu upadá.
Karta se obrátila v souvislosti s expanzí Osmanské říše, jejíž vojska v roce 1529 dobyli tehdejší hlavní město Uherska Budín. Novým hlavním město království, kterému už vládli Habsburkové, se stala Bratislava a Bratislavský hrad v této souvislosti prošel renesanční přestavbou v letech 1552 - 62. Už rok po ukončení přestavby na hradě konaly slavnosti spojené s korunovací Maxmiliána II. za uherského krále. Od druhé poloviny 16. století do období vlády Josefa II. byla Korunní věž místem uchovávání uherských korunovačních klenotů.
Válečné události tureckých válek a protihabsburských povstání zasáhly i Bratislavský hrad, jehož špatný stav si vyžádal rozsáhlou barokní obnovu po roce 1629 realizovanou císařským architektem Carlone. Na stavbu dohlížel i Pavel Pálfi, jako dědičný kapitán Bratislavského hradu. Na hradě byly vyměněny střechy, palác byl nadstavaná io jedno podlaží, čímž získal dnešní proporce. Na tři nároží postavili věžičky a došlo i ke sjednocení fasád a úpravám interiéru. Opevnění hradu bylo posíleno výstavbou tzv. Leopoldova bastiónu.
Za vlády Marie Terezie areál Bratislavského hradu prošel rozsáhlou přestavbou pro potřeby uherské rezidence panovnice. Hrad se v té době také stal sídlem uherského místodržícího Alberta Sasko-Těšínského. Kromě úprav samotného hradu, které měly zvýšit jeho reprezentativnost a pohodlí, došlo i k jeho rozšíření o několik přístavby. Z východní strany k němu přistavěli sv. Tereziánium, kde byly obytné prostory, ze severu byla přistavena krytá jízdárna spolu s barokní zahradou a zahradním pavilonem. K západní straně přibyla hospodářská přístavba.
Obratem v historii Bratislavského hradu byl nástup Josefa II. na panovnický trůn. Ten zrušil úřad uherského místodržícího a zemské úřady přesunul z Prahy do Vídně. Tím ztratil nedávno dokončen hrad v podobě reprezentativní rezidence své využití. V roce 1784 se zde usídlil generální seminář, který vychovával kněží katolické církve. Jedním z jeho absolventů byl například i Anton Bernolák. Hrad však novému účelu velmi nevyhovoval.
Novým uživatelům Bratislavského hradu se v roce 1802 stala armáda a původní reprezentativní prostory se změnily na ubytovny pro vojáky. To se stalo hradu i osudnými, neboť v roce 1811 způsobily vojáci svou neopatrností požár, při kterém vyhořel objekt paláce i mnoho domů v podhradí. Palác se proměnil na ruinu, avšak areál hradu nadále využívala armáda pro své potřeby.
Tento stav se začal měnit po druhé světové válce, kdy armáda z Bratislavského hradu odešla. Prvním civilním využitím hradního areálu byla výstavba amfiteátru na severní terase hradu, při které došlo k významnému zásahu do terénu.
K obnově samotného hradu se přistoupilo v roce 1953. Iniciátorem myšlenky byl spisovatel a malíř Janko Alexy a autory projektu Alfréd Piffl a Dušan Martinček. Rekonstrukční práce probíhaly v letech 1956 - 68 a jejich cílem bylo obnovit hrad do jeho podoby z tereziánského období. Hrad se, již jako národní kulturní památka, stal prostorem pro expozice Slovenského národního muzea a nacházely se zde i reprezentační prostory SNR.
Další komplexní obnova samotného hradu, tentokrát už spojená i s podrobným archeologickým a historicko-architektonickým výzkumem, se realizovala v letech 2008 - 2014. financovala ji Národní rada Slovenské republiky a je součástí rozsáhlého projektu rekonstrukce podoby hradu a jeho okolí do podoby, jakou měl po přestavbě za vlády Marie Terezie. Jeho součástí je i obnovení již nezachování částí hradu, včetně severní zahrady se zahradním pavilonem. Výzkum předchozí rekonstrukci přinesl několik zajímavé a dosud neznámé poznatky o dějinách hradu i staršího osídlení.