Keď Gašpar Szerédy dostal do vlastníctva stupavské panstvo od uhorského kráľa Ferdinanda I. , Záhorská Bystrica sa stala trvalou súčasťou stupavského panstva. Ako jednu z prvých obcí ju postupne začali osídľovať kolonisti z Chorvátska, neskôr roľníci z Moravy, Rakúska a zo susedných panstiev. V daňovom súpise z toho obdobia sa Záhorská Bystrica označuje ako Bystrica, dedina Slovákov a Chorvátov.
V rokoch 1624-1752 bola Záhorská Bystrica farnosťou aj pre obyvateľov Lamača, čo znamenalo zblíženie oboch dedín napriek tomu, že mali rôznych zemepánov. V 18. storočí obec získala povesť najbohatšej dediny záhorskej časti Bratislavy. Mala nielen veľký počet obyvateľov (1 503), ale aj významnú poľnohospodársku produkciu. Umožňovali to priaznivé pôdne a klimatické podmienky, vhodné na pestovanie rôznych plodín. Bystričania boli známi jej pestovaním a predajom v Bratislave a vo Viedni. Poľnohospodárstvo a chov hospodárskych zvierat bol v období súkromného hospodárenia hlavným zdrojom obživy. Známe sú najmä špeciálne pestované zemiaky – kifle (rohlíčky) a samozrejme výborná kapusta – zelé. V okrajových častiach chotára – Strmé vŕšky, Dievčí hrádok, Boháčky, Kerepušky, Piesky, Vrchná a Dolná hora sa pestovalo ovocie a vinič.
Záhorská Bystrica bola v roku 1972 pričlenená k hl. mestu Bratislava za účelom rozvoja hlavného mesta smerom na severozápad. Začala tak jednu z najvýznamnejších udalosti svojich dejín. Katastrálne územie svojou rozlohou predstavuje štvrté najväčšie územie spadajúce pod mesto Bratislava. Vyznačuje sa svojím trojuholníkovým tvarom.