Obec je doložená v Zoborskej listine r. 1113 ako Nek. Ďalšia písomná zmienka pochádzajúca z roku 1165 spomína obec v podobe Nech, Niech, Neku. V chotári obce bola kedysi osada Peteháza, v listine doložená r.1323. Čierna Voda začiatkom 14. storočia patrila k panstvu Matúša Čáka, neskôr bola poddanskou dedinou šintavského panstva a po roku 1817 Ceklínskeho panstva. V prvej polovici 19. storočia tu bol rozsiahly chov oviec.
Obec je doložená v Zoborskej listine r. 1113 ako Nek. Ďalšia písomná zmienka pochádzajúca z roku 1165 spomína obec v podobe Nech, Niech, Neku. V chotári obce bola kedysi osada Peteháza, v listine doložená r.1323. Čierna Voda začiatkom 14. storočia patrila k panstvu Matúša Čáka, neskôr bola poddanskou dedinou šintavského panstva a po roku 1817 Ceklínskeho panstva. V prvej polovici 19. storočia tu bol rozsiahly chov oviec.