Na bočnom oltári je umiestnená socha Madony z prelomu 15. – 16. storočia, v zadnej časti lode sa nachádzajú tri drevené gotické plastiky svätíc a baroková kamenná plastika od Dionýza Stanetiho. Z obdobia renesancie je zachovaný toskánsky stĺp kazateľnice, ako aj krstiteľnica z ružového mramoru najvýznamnejšieho kremnického medailéra Krištofa Füssela. Kostol je požehnaný, konajú sa v ňom cirkevné obrady.
V rokoch 1976 – 1996 prešiel hradný areál komplexnou obnovou. Počas nej bol v kostole sv. Kataríny inštalovaný moderný organ, jeden z najkvalitnejších nástrojov na Slovensku. Organ je využívaný nielen počas bohoslužieb, ale aj pre potreby múzea, ktoré organizuje pravidelne organové koncerty popredných domácich i zahraničných interpretov a poslucháčov konzervatórií. Múzeum v lete spoluporiada známy festival Kremnický hradný organ, pravidelné sú aj predvianočné koncerty. Ponuka organových koncertov je spestrená i koncertami ďalších komorných a speváckych hudobných telies, ale aj skupín a interpretov prezentujúcich kompozície stojace mimo oblasti vážnej hudby.
Ku kostolu bola v 15. storočí voľne pristavaná veža. Dnes má renesančnú podobu, ktorú dostala po požiari v roku 1560. Po stáročia v nej sídlili strážcovia a ohlasovali nebezpečenstvo. V súčasnosti funguje izba strážcov ako expozícia a zároveň je odtiaľ najkrajší výhľad na panorámu mesta a okolité kopce. Návštevníci sa k nej dostanú výstupom po 127 točitých kamenných schodoch.