Rozsiahla prestavba sa dotkla aj samotného jadra hradu s obytnými priestormi. Mohutný donjon spolu s väčšinou opevnenia akropoly boli zbúrané a nahradené mohutnou štvorkrídlovou stavbou na pôdoryse nepravidelného lichobežníka. Išlo o podobný typ opevneného kráľovského sídla, aký poznáme napríklad zo Zvolena či Vígľaša, a ktorý nadväzuje na talianske kastely. V južnom a východnom krídle hradu boli obytné a reprezentatívne priestory, ďalšie dve krídla slúžili na hospodárske a prevádzkové účely.
Nezariadenú stavbu využíval ako svoje sídlo niekoľko rokov uhorský kráľ Ladislav Pohrobok, po smrti ktorého (v roku 1454) význam hradu upadá.
Karta sa obrátila v súvislosti s expanziou Osmanskej ríše, ktorej vojská v roku 1529 dobyli vtedajšie hlavné mesto Uhorska Budín. Novým hlavným mesto kráľovstva, ktorému už vládli Habsburgovci, sa stala Bratislava a Bratislavský hrad v tejto súvislosti prešiel renesančnou prestavbou v rokoch 1552 – 62. Už rok po ukončení prestavby sa na hrade konali slávnosti spojené s korunováciou Maximiliána II. za uhorského kráľa. Od druhej polovice 16. storočia do obdobia vlády Jozefa II. bola Korunná veža miestom uchovávania uhorských korunovačných klenotov.
Vojnové udalosti tureckých vojen a protihabsburských povstaní zasiahli aj Bratislavský hrad, ktorého zlý stav si vyžiadal rozsiahlu barokovú obnovu po roku 1629 realizovanú cisárskym architektom Carlonem. Na stavbu dozeral aj Pavol Pálfi, ako dedičný kapitán Bratislavského hradu. Na hrade boli vymenené strechy, palác bol nadstavaný aj o jedno podlažie, čím získal dnešné proporcie. Na tri nárožia postavili vežičky a došlo aj k zjednoteniu fasád a úpravám interiéru. Opevnenie hradu bolo posilnené výstavbou tzv. Leopoldovho bastiónu.
Za vlády Márie Terézie areál Bratislavského hradu prešiel rozsiahlou prestavbou pre potreby uhorskej rezidencie panovníčky. Hrad sa v tej dobe taktiež stal sídlom uhorského miestodržiteľa Alberta Sasko-Tešínskeho. Okrem úprav samotného hradu, ktoré mali zvýšiť jeho reprezentatívnosť a pohodlie, došlo aj k jeho rozšíreniu o viaceré prístavby. Z východnej strany k nemu pristavili zv. Tereziánium, kde boli obytné priestory, zo severu bola pristavená krytá jazdiareň spolu s barokovou záhradou a záhradným pavilónom. K západnej strane pribudla hospodárska prístavba.
Obratom v histórii Bratislavského hradu bol nástup Jozefa II. na panovnícky trón. Ten zrušil úrad uhorského miestodržiteľa a krajinské úrady presunul z Bratislavy do Viedne. Tým stratil nedávno dokončený hrad v podobe reprezentatívnej rezidencie svoje využitie. V roku 1784 sa tu usídlil generálny seminár, ktorý vychovával kňazov katolíckej cirkvi. Jedným z jeho absolventov bol napríklad aj Anton Bernolák. Hrad však novému účelu veľmi nevyhovoval.
Novým užívateľom Bratislavského hradu sa v roku 1802 stala armáda a pôvodné reprezentatívne priestory sa zmenili na ubytovne pre vojakov. To sa stalo hradu aj osudnými, keďže v roku 1811 spôsobili vojaci svojou neopatrnosťou požiar, pri ktorom vyhorel objekt paláca i mnoho domov v podhradí. Palác sa premenil na ruinu, avšak areál hradu naďalej využívala armáda pre svoje potreby.
Tento stav sa začal meniť po druhej svetovej vojne, kedy armáda z Bratislavského hradu odišla. Prvým civilným využitím hradného areálu bola výstavba amfiteátra na severnej terase hradu, pri ktorej došlo k významnému zásahu do terénu.
K obnove samotného hradu sa pristúpilo v roku 1953. Iniciátorom myšlienky bol spisovateľ a maliar Janko Alexy a autormi projektu Alfréd Piffl a Dušan Martinček. Rekonštrukčné práce prebiehali v rokoch 1956 – 68 a ich cieľom bolo obnoviť hrad do jeho podoby z tereziánskeho obdobia. Hrad sa, už ako národná kultúrna pamiatka, stal priestorom pre expozície Slovenského národného múzea a nachádzali sa tu aj reprezentačné priestory Slovenskej národnej rady.
Ďalšia komplexná obnova samotného hradu, tentoraz už spojená aj s podrobným archeologickým a historicko-architektonickým výskumom, sa realizovala v rokoch 2008 – 2014. Financovala ju Národná rada Slovenskej republiky a je súčasťou rozsiahleho projektu rekonštrukcie podoby hradu a jeho okolia do podoby, akú mal po prestavbe za vlády Márie Terézie. Jeho súčasťou je aj obnovenie už nezachovaných častí hradu, vrátane severnej záhrady so záhradným pavilónom. Výskum predchádzajúci rekonštrukcii priniesol viaceré zaujímavé a dovtedy neznáme poznatky o dejinách hradu i staršieho osídlenia.