Další vývoj obce nepříznivě ovlivnilo pustošení vojska sultána Galga, který roku 1683 procházel přes Vrakune s doprovodem 8000 vojáků do Bernolákova, do tábora Imricha Tököliho a zničil nejen celou vesnici, ale i most. Obyvatelé Vrakune byli přinuceni v neklidných dobách opustit své příbytky a skrývat se v lesích na dunajských ostrovech. Mnozí přišli o život. Jejich počet se přiředit, ale lze pozorovat jistou kontinuitu obyvatelstva. Do roku 1768 se počet obyvatel zvýšil přibližně na úroveň, jaká byla před rokem 1683 - 41 rodin osadníků, ale byly mnohem chudší.
V polovině 19. století měla Vrakuňa už 69 domů, 451 obyvatel, převážně maďarské národnosti. Obyvatelé obhospodařovali 1744 jiter půdy, kterou obdělávali i přes její špatné kvalitě. Řemeslo se velmi nerozvinulo. Kromě mlýnů, řezníka a výčepní se v 19. století zmiňuje i Čižmár, zedník a tkadlec.
Koncem 19. a začátkem 20. století se do Vrakune přistěhovalo mnoho nových obyvatel. Jejich počet vzrostl za padesát let na 742. Věnovali se většinou zelinářství a chovu dobytka, jehož množství vzrostlo až čtyřnásobně. Do roku 1940 se počet obyvatel obce zvýšil na 1232 a počet domů na 249. Celková rozloha katastru byla 1 013 hektarů.
V roce 1948 byla obec úředně přejmenována z Verekne na Vrakune a do roku 1971 byla samostatnou obcí, kterou řídil "Okresní národní výbor Bratislava - venkov".
1. ledna 1972 se stala součástí hlavního města SR Bratislavy a od roku 1990 je jednou ze 17 městských částí Bratislavy, na rozloze 10,3 km² žije více než 18 000 obyvatel.