Po zpustošení Tatary, již v roce 1252, daroval Šalu Bela IV. nově založenému Premonštrátsky klášteru v Turci. Jeho majetkem zůstala Šaľa a panství, které se zde vyvinulo, až do XVI. století. XVI. století ve válce s Turky přineslo mnoho utrpení pro obyvatele Šaly. V XVII. století zde byla vybudována vojenská pevnost. Její obranná funkce skončila po osvobození Nových Zámků.
XVI. století přineslo změny i v právním postavení Šaly. Když v roce 1536 povýšil král Ferdinand I. Šalu výsadní listinou na městečko, dostala právo na vydržování týdenních trhů a dvou výročních jarmarků.
Od XVI. století výnosy ze Šaliansky panství patřily jezuitům, kteří sem v roce 1598 přemístili kolegium z Kláštera pod Znievom. Působilo zde několik významných osobností, z nichž vyniká zejména Péter Pázmány.
Zajímavý je také vývoj symbolu městečka od XVI. století. Písemnosti vydané rychtářem již v tomto století byly opatřeny pečetěmi. Nejstarší známé pečetidlo se používalo již v roce 1543. Ve středu pole, na pozdně štítě jsou vyryty klasy, mezi nimiž je kolmo postaven lemeš. Také nové pečetidlo z dvacátých let XVII. století zachovává tento motiv. Ke změně obrazu pečetidla došlo v XVIII. století, odkdy městečko používalo jako symbol rakouského orla, čímž vyjadřovalo svou závislost na Královské komoře.
Rozvoj městečka pokračoval i navzdory mnoha neštěstím, hlavně častým povodním a epidemiím, iv XIX. století. K rozvoji dopomohlo i vybudování železniční tratě mezi Vídní a Budapeští v roce 1850. Ve druhé polovině XIX. století se Šaľa stala administrativním centrem slúžnovského úřadu Nitranské župy. O šíření kultury koncem XIX. a začátkem našeho století se zasloužili různé spolky, ale i založení tiskárny Davida Kollman před I. světovou válkou. V letech 1907-1912 vycházely noviny Šaľa a okolí ( "Vágsellye és VIDEK"), které od roku 1911 se tlačili v místní tiskárně. Po vzniku Československé republiky město zůstalo okresním centrem. Od 2.11.1938 patřilo město ve smyslu Vídeňské arbitráže k Maďarsku, ale iv tomto období si zachovalo své správní postavení a bylo nadále centrem hlavnoslúžnovského okresu. Město Šaľa bylo osvobozeno 31.března 1945 a vrámci obnovené ČSR zůstalo okresním městem až do roku 1960. Od 24. července 1996 je město Šaľa opět sídlem okresu Šaľa.