Rozprestiera sa v juhovýchodnej časti okresu Senec v Podunajskej nížine medzi Čiernou Vodou a Malým Dunajom, v západnej časti Žitného ostrova.
Obec leží v chránenej vodohospodárskej oblasti žitného ostrova. Obec Hrubá Borša z administratívneho – správneho hľadiska patrí do okresu Senec v rámci Bratislavského kraja. Funkciu okresného sídla zatiaľ plní mesto Senec, čo vymedzuje funkčné väzby obce Hrubá Borša k centru Senec.
Hrubá Borša leží v bratislavsko – trnavskom ťažisku osídlenia celoštátneho až medzinárodného ťažiska osídlenia celoštátneho až medzinárodného významu a je zaradená do územia jadrového pásma regiónu Bratislavského kraja.
Základnou úlohou obce je zabezpečiť všestranný rozvoj svojho územia a potrieb obyvateľov pri výkone samosprávy. Obec samostatne rozhoduje a uskutočňuje všetky úkony súvisiace so správou obce a jej majetku v zmysle zákona.