Rodina však zostala nahnevaná. Báli sa hanby. Otec ju chcel násilím odviesť. Klára však ušla do kostola, objala oltár a zvolala: „Viete, že si nežiadam iného ženícha ako Ježiša. Jeho som si vyvolila a neopustím ho.“ Príbuzní síce zúrili, ale neodvážili sa k nej priblížiť. František ju potom zaviedol do kláštora sv. Angela v Panza, kde boli tiež benediktínky. O necelé dva týždne oznámila aj jej mladšia sestra Agnesa, že chce ísť do kláštora. Rodičia to vonkoncom nechceli pripustiť. Legenda hovorí, že keď prišli k nej dvanásti muži, ktorí ju mali z kláštora odniesť, tak oťažela, že ňou nevládali pohnúť. Keď ju chcel udrieť jej strýko, zmeravela mu ruka. Klára potom sama išla za rodičmi, aby ich utíšila. Agnesa sa teda takisto zasvätila Bohu. Biskup z Assisi prepustil Františkovi dom pri kostole sv. Damiána. Tam František umiestnil Kláru s ostatnými dievčatami, ktoré sa medzičasom k nej pridružili. V roku 1215 si zvolili za predstavenú Kláru, hoci ona sa tomu vzpierala. Žili život v chudobe, prísne podľa pravidiel. V prvých rokoch sa menovali „chudobné panie väznené u sv. Damiána“ alebo „zo spoletského údolia“ alebo „damiánky“. Až po Klárinej smrti sa začali volať klarisky.
Prvé pravidlá napísal síce na požiadanie Kláry František, ale neskôr ich ona s kardinálom Hugolínom, neskorším pápežom Gregorom IX., prepracovala. Tieto druhé pravidlá schválil pápež Inocent IV., hoci sa mu videli príliš prísne. Od Gregora IX. totiž predtým dostala „privilégium chudoby“, teda právo, aby nebola viazaná na žiadny hmotný majetok. Okrem chudoby sa snažila o dokonalosť aj v ostatných čnostiach. Vymýšľala si rozličné spôsoby na umŕtvovanie – v tunike mala tŕne, bičovala sa bičom, na konci ktorého boli uzly, nenosila obuv, cez pôst jedla len trikrát do týždňa, aj to len chlieb a vodu. Dlhý čas spávala na holej zemi, namiesto vankúša mala kus dreva. Väčšiu časť noci strávila v modlitbách. Hoci bola predstavenou, robila tie najposlednejšie práce: budila sestry, zvonila, zapaľovala lampy, zametala kláštor, umývala sestrám nohy, keď sa vrátili z mesta.
Keď sa stala predstavenou, stala sa veľmi neistou. Sľúbila preto poslušnosť Františkovi, kardinálovi a biskupovi assiskému. Žila v úplnej chudobe, bez pozemkov, bez stálych príjmov, v klauzúre. Zvláštnu lásku preukazovala ukrižovanému Ježišovi. Celé dni a noci rozjímala o Spasiteľových bolestiach. Vo svojich chorobách bola trpezlivá a šťastná, že môže trpieť spolu s Kristom. Popri chorobe robila aspoň ručné práce, aby nezaháľala. Hovorí sa o nej, že mocou kríža vyháňala diablov a uzdravila chorých.