Do roku 2002 sa na prevádzkovej strate podieľali rovnomerne Železnice Slovenskej republiky, Železničná spoločnosť, a.s. a mesto Košice. Od roku 2003 celé prevádzkové náklady znášalo mesto Košice (v minulosti aj prostredníctvom DPMK, a.s.). Sezónna prevádzka trvala v uplynulých rokoch zvyčajne od 1. mája, zhruba do polovice septembra.
V roku 2011 prevzalo všetky dráhové vozidlá KDHŽ občianske združenie Detská železnica Košice a v roku 2012 sa stalo prevádzkovateľom dopravy na železničke. Plánom OZ DŽK je celoročná prevádzka. Cieľom je napríklad zaviesť jazdy počas pracovných prázdninových dní, mimoriadne jazdy, nočné jazdy, mikulášske, firemné, spoločenské, historické a iné, ktoré by efektívnejšie zhodnotili a zviditeľnili existenciu DŽ. Aj preto OZ Detská železnica v spolupráci s Mestom Košice pripravila projekt revitalizácie železničky, ktorá by toto riešila.
Začiatok 90- tych rokov neveštil železničke nič dobré a hrozilo zastavenie prevádzky. Stratilo sa podhubie a zanietenci. Pionieri sa prestali podieľať na chode železnice, vytratili sa dobrovoľníci. Doslova znovuzrodením DŽ bola rekonštrukcia a obnova parnej lokomotívy U 36.003 - “Katka” na podnet primátora Rudolfa Schustera. Detská železnica v skutočnosti historickou muzeálnou železnicou. Nielen čo do jej povahy a jedinečnosti, ale aj čo do veku dochovaných dráhových vozidiel a dopravných zariadení. Mnohé boli síce časom zničené, no mnohé sa dajú obnoviť, alebo nanovo vybudovať ako verná kópia. Iba máloktorá muzeálna železnica v susedných krajinách sa vyrovná práve tej v Košiciach.