Zur Zeit des Rákoci-Aufstands im Jahre 1705 wurde die Kirche in Budmerice beschädigt und daher fand in den Jahren 1718-1736 ihr allgemeiner Wiederaufbau statt. Es wurde aus den Fundamenten erbaut und neben dem achteckigen Turm, den Überresten der ehemaligen gotischen Kirche, wurde die neue Kirche im romanischen Stil erbaut. Zwei Glocken wurden in den Turm gelegt. Einer ist dem heiligen Petrus und dem heiligen Paulus geweiht, der andere dem heiligen Vitus dem Märtyrer. Ein Seitenaltar, der der Heiligen Jungfrau Maria gewidmet ist, wurde 1730 gebaut und 1731 steht ein zweiter Seitenaltar mit einer Statue des göttlichen Herzens Jesu. Daneben befindet sich ein Bild von Johannes dem Täufer und darunter ein steinernes Baptisterium. Während des allgemeinen Wiederaufbaus in den Jahren 1735-1736 wurde die Ausrüstung von der ursprünglichen Kirche übertragen, eine neue Kanzel, ein Holzchor und eine Orgel, vier Altäre und Glocken wurden gebaut. Die neue Kirche hielt jedoch nicht lange an, am 21. Mai 1774 brannte sie fast nieder, und damit die Gemeinde und der größte Teil des Dorfes. Von der Kirche blieben nur kahle Mauern übrig. Es war notwendig, ein neues Pfarrhaus zu bauen und die Kirche wiederherzustellen. Die Kirche wurde 1782 geweiht, obwohl sie noch nicht fertiggestellt ist. Als ein neuer Priester, Jozef Balko, 1795 nach Budmerice kam, mussten die Altäre fertiggestellt, die Kanzel, die Orgel und der Teil des Hauptschiffs der Kirche gestrichen werden, der nicht verteidigt wurde.