Obec je doložena v Zoborské listině r. 1113 jako Nek. Další písemná zmínka pocházející z roku 1165 vzpomíná obec v podobě Ať, Niech, Neku. V katastru obce byla kdysi osada Peteháza, v listině doložená r.1323. Černá Voda začátkem 14. století patřila k panství Matúše Čáka, později byla poddanskou vesnicí Šintavská panství a po roce 1817 Ceklínskeho panství. V první polovině 19. století zde byl rozsáhlý chov ovcí.
Obec je doložena v Zoborské listině r. 1113 jako Nek. Další písemná zmínka pocházející z roku 1165 vzpomíná obec v podobě Ať, Niech, Neku. V katastru obce byla kdysi osada Peteháza, v listině doložená r.1323. Černá Voda začátkem 14. století patřila k panství Matúše Čáka, později byla poddanskou vesnicí Šintavská panství a po roce 1817 Ceklínskeho panství. V první polovině 19. století zde byl rozsáhlý chov ovcí.