Rodina však zůstala naštvaná. Báli se hanby. Otec ji chtěl násilím odvést. Klára však utekla do kostela, objala oltář a zvolala: "Víte, že si nežádám jiného ženicha než Ježíše. Jeho jsem si vyvolila a neopustím ho. "Příbuzní sice zuřily, ale neodvážili se k ní přiblížit. František ji pak zavedl do kláštera sv. Angela v Panza, kde byly také benediktinky. O necelé dva týdny oznámila i její mladší sestra Agnesa, že chce jít do kláštera. Rodiče to vůbec nechtěli připustit. Legenda říká, že když přišli k ní dvanáct muži, kteří ji měli z kláštera odnést, tak ztěžkla, že jí nemohli pohnout. Když ji chtěl udeřit její strýc, strnula mu ruka. Klára pak sama šla za rodiči, aby je utišila. Agnesa se tedy rovněž zasvětila Bohu. Biskup z Assisi propustil Františkovi dům u kostela sv. Damiána. Tam František umístil Kláru s ostatními dívkami, které se mezitím k ní přidruží. V roce 1215 si zvolili za představenou Kláru, ačkoli ona se tomu vzpírala. Žili život v chudobě, přísně podle pravidel. V prvních letech se jmenovaly "chudé panie uvězněné u sv. Damiána "nebo" ze spoletského údolí "nebo" Damianko ". Teprve po Klářin smrti se začaly volat klarisky.
První pravidla napsal sice na požádání Kláry František, ale později je ona s kardinálem Hugolínem, pozdějším papežem Řehořem IX., Přepracovala. Tyto druhé pravidla schválil papež Inocenc IV., Ačkoli se mu viděli příliš přísné. Od Řehoře IX. totiž předtím dostala "privilegium chudoby", tedy právo, aby nebyla vázána na žádný hmotný majetek. Kromě chudoby se snažila o dokonalost iv ostatních ctnostech. Vymýšlela si různé způsoby umrtvování - v tunice měla trny, bičovala se bičem, na jehož konci byly uzly, nenosila obuv, přes půst jídla jen třikrát týdně, i to jen chléb a vodu. Dlouhý čas spávala na holé zemi, namísto polštáře měla kus dřeva. Větší část noci strávila v modlitbách. Přestože byla představenou, dělala ty nejposlednější práce: budila sestry, zvonila, zapalovala lampy, zametala klášter, myla sestrám nohy, když se vrátili z města.
Když se stala představenou, stala se velmi nejistou. Slíbila proto poslušnost Františkovi, kardinálovi a biskupovi Assisi. Žila v naprosté chudobě, bez pozemků, bez stálých příjmů, v klauzuře. Zvláštní lásku prokazovala ukřižovanému Ježíši. Celé dny a noci rozjímala o Spasitelových bolestech. Ve svých chorobách byla trpělivá a šťastná, že může trpět spolu s Kristem. Vedle nemoci dělala alespoň ruční práce, aby nezahálela. Říká se o ní, že mocí kříže vyháněla ďáblů a uzdravila nemocné.